При осуществлении данного вида проверки ФНС контролирует, как плательщик выполняет обязательства, отраженные в договорах, а также наличие и соблюдение протоколов, приказов и других внутренних документов. Подвергаются проверке кассовая дисциплина, начисление НДФЛ с зарплаты, учет доходов, расходов и экономическая обоснованность хозяйственных операций, то есть практически вся деятельность плательщика за определенный период.